Bij de Kleihauer-Bethke-test kan het soms lastig zijn om onderscheid te maken tussen echte foetale erytrocyten (RBC) en maternele erytrocyten met hoge concentraties foetaal hemoglobine (HbF), bijvoorbeeld als gevolg van hemoglobinopathieën. Dit kan leiden tot vals verhoogde waarden van foetale RBC (fRBC). De flowcytometrische analyse, die wordt uitgevoerd ter bevestiging en kwantificatie van positieve stalen, is daarentegen zeer specifiek en in staat om foetale RBC te onderscheiden van maternele RBC die HbF bevatten. Het is daarom mogelijk dat een positief resultaat bij de Kleihauer-Bethke-test wordt gevolgd door een negatief resultaat bij flowcytometrie.